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Le potentiel d’analyses de routine du métagénome microbien des voies respiratoires de la mucoviscidose

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Les agents pathogènes bactériens jouent un rôle non négligeable dans la colonisation des voies respiratoires. Une diversité bactérienne fortement réduite, accompagnée d’une présence accrue d’un ou plusieurs agents pathogènes, est considérée comme typique du microbiome pulmonaire de la mucoviscidose. Des analyses de routine du métagénome des voies respiratoires, ainsi que l’établissement de valeurs seuils, pourraient contribuer de manière significative au succès du traitement des patients atteints de mucoviscidose.

Bien que la mucoviscidose (ou fibrose kystique) soit une maladie multisystémique, la morbidité accrue et la mortalité prématurée des patients s’expliquent principalement par les infections chroniques et les inflammations des voies respiratoires inférieures. Les agents pathogènes bactériens et leurs déterminants de résistance aux antibiotiques sont couramment mesurés par des méthodes dépendantes de la culture. Étant donné qu’il y a souvent un délai de 48 à 72 heures entre le prélèvement de l’échantillon et le diagnostic, l’instauration d’un traitement par des antibiotiques spécifiques à l’agent pathogène peut être retardée.1 Pendant ce temps, l’antibiothérapie empirique à large spectre déstabilise l’ensemble du microbiome pulmonaire et favorise la croissance sans concurrence de germes résistants.2 De plus, la charge bactérienne de l’agent pathogène doit être ≥103–105UFC/ml pour que la croissance dans le milieu de culture microbiologique soit couronnée de succès.1 L’apparition de ce modèle de microbiome pulmonaire, avec une diversité bactérienne fortement réduite et la présence accrue d’un ou plusieurs agents pathogènes, a été décrite dans la littérature comme typique de la mucoviscidose et comme une signature irréversible du microbiome dans la progression avancée de la maladie.3

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