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Mucoviscidose et microbiome pulmonaire

Le rôle central des bactéries peu abondantes dans le microbiome des voies aériennes dans la petite enfance

Contenu en français

Le microbiome pulmonaire joue un rôle majeur dans la santé des voies aériennes, notamment dans des maladies telles que la mucoviscidose. L’outil logiciel raspir, récemment développé, permet de déterminer quasiment toutes les espèces d’une communauté bactérienne – les résultats d’une analyse in silico de données du métagénome de patients pédiatriques atteints de mucoviscidose illustrent leur importance. Grâce à cet outil, des facteurs importants qui influencent l’ensemble du microbiome, comme par exemple une approche de traitement probiotique, pourront être étudiés en détail à l’avenir.

Dans le cadre d’un diagnostic microbien indépendant de la culture, l’ADN complet d’un échantillon de patient est isolé, fragmenté, séquencé et les fragments d’ADN sont mis en correspondance avec une base de données de génomes bactériens de référence. L’objectif est de déterminer la communauté microbienne dans un organe tel que les voies aériennes. Le problème est que de nombreux microbes partagent de courtes séquences génétiques avec des microbes de leur communauté et avec d’autres entrées de la base de données de référence. Une mise en correspondance incorrecte des fragments d’ADN biologique avec les séquences homologues de la base de données de référence entraîne une détection fausse positive d’espèces bactériennes qui n’existent pas réellement dans l’échantillon. Afin de minimiser la proportion de ces résultats faux positifs, les pipelines d’évaluation ont fixé une valeur seuil afin d’émettre seulement des affirmations sur les bactéries très abondantes présentes avec certitude, c’est-à-dire les bactéries qui représentent de façon cumulée une proportion de 90–99% de la communauté. Cependant, des informations importantes sur les espèces peu abondantes sont ainsi perdues.

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