Les germes multirésistants: Où en sommes-nous?

La lutte contre la résistance aux médicaments fait partie des 10 grands objectifs de santé publique de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS). C’est dans les pays d’Asie du Sud-Est et d’Afrique que le problème est le plus important. Les voyages internationaux et les migrations contribuent à la propagation de germes résistants en provenance de ces pays. Mais l’apparition de résistances dues à une utilisation trop fréquente ou incorrecte des antibiotiques est plus importante encore.

En 2014, l’économiste Jim O’Neill a rédigé un rapport sur la résistance aux antimicrobiens (RAM) à la demande du premier ministre du Royaume-Uni David Cameron et de l’organisation caritative Wellcome Trust. Celui-ci prévoyait qu’en 2050, la RAM serait responsable d’environ 10 millions de décès.¹ Quatre ans plus tard, le réseau des «Antimicrobial Resistance Collaborators» estimait le nombre de décès liés à la RAM à 4,95 millions dans le monde, avec une tendance à la hausse.² Un simple coup d’œil aux différents continents montre que l’Afrique et l’Asie du Sud occupent la première place en matière de décès liés à la RAM. La plupart des décès étaient liés à Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae et Acinobacter baumanii résistants. «On trouve ces organismes aussi dans les unités de soins intensifs de nombreux pays – dont la Suisse – c’est pourquoi ils doivent être surveillés de près», a déclaré le Dr méd Walter Zingg, médecin adjoint de la clinique des maladies infectieuses et de l’hygiène hospitalière de l’Hôpital universitaire de Zurich.

Mais ce n’est que la partie émergée de l’iceberg: une étude basée sur 474 enquêtes de prévalence ponctuelles dans 99 pays a chiffré le nombre de cas de résistance aux médicaments associée aux hôpitaux à 136 millions par an dans le monde. Le fardeau de la morbidité, mesuré par la résistance aux médicaments associée aux hôpitaux, était le plus important dans les pays à forte population, comme la Chine ou le Pakistan par exemple. Les coûts les plus élevés liés aux infections ont été assumés par les pays à revenu moyen.³

La situation en Europe et en Suisse

En Europe, la plupart des infections associées aux soins de santé ou nosocomiales mortelles sont dues à 3GCREC (E.coli résistant aux céphalosporines de 3^e génération), SARM (Staph. aureus résistant à la méthicilline), CRPA (Pseudomonas aeruginosa résistant aux carbapénèmes) et 3GCRKP (K.pneumoniae résistant aux céphalosporines de 3^e génération). La somme des années de vie perdues (années de vie corrigées du facteur invalidité, AVCI) dues à la RAM/RM (résistance multiple) était la plus importante en Italie, en Grèce et en Roumanie. Ces pays présentent une proportion plus élevée d’E.coli, K.pneumoniae, Acinobacter spp. et P.aeruginosa résistants aux carbapénèmes ou à la colistine que les autres pays.⁴

Les analyses du Centre suisse pour le contrôle de l’antibiorésistance, ANRESIS, fournissent des informations sur la situation en Suisse. Ces analyses montrent que les AVCI attribuables à la RAM/RM ont augmenté entre 2010 et 2019.⁵ Les décès attribuables aux infections par 3GCREC représentent, de loin, le nombre le plus élevé de décès. Les différences régionales sont intéressantes. En effet, le fardeau de la morbidité mesuré par la somme des AVCI attribuables à la RAM/RM était supérieur dans les régions francophones du pays que dans les régions germanophones.

Le moteur de la résistance aux antibiotiques

En tête des facteurs contribuant au développement de la RAM/RM figure l’utilisation inappropriée ou trop fréquente d’antibiotiques, suivie par la transmission de germes multirésistants dans le secteur de la santé.⁶ Avec l’augmentation globale du niveau de vie et l’amélioration de l’accès aux soins de santé, l’utilisation d’antibiotiques et, par conséquent, les résistances augmentent. Environ 33% des différences de résistance aux antibiotiques entre les pays sont dues à des différences d’utilisation. Si l’on tient compte de la corruption, principal facteur socio-économique contribuant à la propagation de la résistance, ce pourcentage passe à 63%.⁷

La consommation d’antibiotiques par l’homme n’est pas la seule à jouer un rôle dans le développement de la résistance. Les antibiotiques utilisés dans l’élevage d’animaux, qui sont rejetés dans l’environnement par le biais des excréments et réabsorbés avec la nourriture, jouent également un rôle. Comme le montre une étude, les producteurs mondiaux d’antibiotiques — surtout en Inde et au Bangladesh – rejettent en outre plusieurs kilogrammes par jour, soit plusieurs tonnes d’antibiotiques par an, directement dans l’environnement avec les eaux usées.⁸ Des résidus d’antibiotiques ont également été trouvés dans les eaux usées des stations d’épuration de pays à revenu élevé. Cela indique que la technologie utilisée aujourd’hui ne permet pas d’éliminer complètement les antibiotiques.

Plus souvent qu’on ne le pense, les infections nosocomiales contribuent au développement et à la propagation de la RAM/RM. Une étude analysant les séquences génétiques et les données épidémiologiques de plus de 1700 échantillons positifs pour K.pneumoniae, provenant de patients de 244 hôpitaux dans 32 pays, a pu montrer que dans plus de la moitié des hôpitaux ayant des isolats de K.pneumoniae positifs pour la carbapénémase, une transmission avait eu lieu à l’hôpital même.⁹ «Personnellement, je pense que les transmissions associées aux hôpitaux sont, en Suisse aussi, l’un des principaux facteurs de l’augmentation de la résistance aux antibiotiques», a déclaré W. Zingg.

Les voyages et la migration favorisent la propagation de la RAM/RM

La probabilité d’une colonisation par des bactéries multirésistantes est grande après un voyage dans des pays où la prévalence des bactéries productrices de BLSE («bêta-lactamase à spectre étendu») est élevée. Une étude allemande ayant testé 230 voyageurs auparavant négatifs pour les BLSE-PE (entérobactéries productrices de BLSE) à leur retour du sud de l’Inde, d’Iran et du Pakistan a révélé un échantillon positif chez 23% d’entre eux.¹⁰ Une étude portant sur 20 sujets qui ont dû fournir des échantillons de selles quotidiens pendant leur séjour à Vientiane (Laos) a donné un aperçu intéressant de la dynamique d’acquisition. Les résultats ont montré que tous les sujets avaient été colonisés par des bactéries gram-négatives productrices de BLSE à un moment ou à un autre de leur séjour d’environ trois semaines. La colonisation a évolué en permanence, l’acquisition de nouvelles souches rendant la souche initiale gram-négative résistante aux BLSE indétectable.¹¹

Le risque d’acquisition d’EPC-RC («entérobactéries productrices de carbapénémases résistantes aux carbapénèmes») et des MCRE («entérobactéries résistantes à la colistine en lien avec mcr»), particulièrement redoutées, semble être plus faible, comme le montre une étude multicentrique menée aux États-Unis. Sur 412 voyageurs internationaux, <1% étaient colonisés par des EPC-RC et 5%, par des MCRE à leur retour.¹² Les voyages en Asie du Sud-Est et au Pérou étaient le plus souvent associés à l’acquisition de bactéries à Gram négatif multirésistantes. Une colonisation élevée par des bactéries multirésistantes, en particulier des BLSE-PE, a également été observée chez les patients rapatriés de pays à forte prévalence de bactéries multirésistantes.¹³

La migration est considérée comme l’une des causes de la propagation de bactéries multirésistantes. Une étude portant sur 1544 migrants provenant d’Asie et d’Afrique et cherchant asile en Allemagne a montré que 19% d’entre eux étaient colonisés par des BLSE-PE, mais qu’aucun des participants à l’étude n’était porteur d’EPC-RC. Les auteurs ont conclu qu’en l’absence d’autres facteurs de risque, comme une hospitalisation préalable dans le pays d’origine, la colonisation par EPC-RC ne semble pas poser de problème chez les migrants originaires de pays où la prévalence des BLSE est élevée.¹⁴

Une autre étude portant sur la colonisation par des bactéries multirésistantes chez des patients ukrainiens traités dans un hôpital de Francfort a montré un test positif pour les germes à Gram négatif multirésistants chez 16% d’entre eux, mais, curieusement, aucun signe de SARM. La prévalence d’EPC-CR était de 9,7%, et tous les patients concernés avaient reçu un traitement médical préalable en Ukraine, parfois en raison de blessures de guerre.¹⁵